მარტყოფის ღვთაების მონასტერი მდებარეობს სოფ. მარტყოფის (გარდაბნის რაიონი) მახლობლად, თბილისიდან აღმოსავლეთით, 25-27 კილომეტრზე. ტყით დაფარულ იალნოს ქედზე. ღვთაების მონასტერი დაარსებულია 13 ასურელ მამათაგან ერთ-ერთის მამა ანტონ მარტყოფელის მიერ VI საუკუნეში.ქართული წერილობითი წყაროების თანახმად ამ ადგილს VI საუკუნემდე აკრიანი - ქვიანი ადგილი - რქმევია. ღვთაების მონასტრის გუჯარის თანახმად აქ ტაძარი ჯერ კიდევ ვახტანგ გორგასალსაუშენებია და ეპისკოპოსიც დაუსვამს. იგივე ცნობა დაცული აქვს პალტონ იოსელიანსაც. VI ს. პირველ ნახევარში აკრიანის მთებში დამკვიდრდა საქართველოში მოსული ასურელი მამებიდან ერთ-ერთი, ანტონ მარტყოფელი. იგი განცალკევებით, დაყუდებულ ცხოვრებას ეწეოდა, რის გამოც მას მარტომყოფელი უწოდეს, ხოლო ადგილმა სახელწოდებად მარტყოფი მიიღო. მამა ანტონს მალე გაუვარდა სახელი როგორც სასწაულმოქმედს, ამიტომ მის გარშემო მალე თავი მოიყარეს მორჩილებმა, რასაც მოგვიანებით მარტყოფის სამონასტრო ცხოვრების აღორძინება მოყვა.XI ს., როდესაც კვირიკე III კახთა მეფემ კახეთის სამეფო საერისთავოებად დაყო, მარტყოფირუსთავში მჯდომ ერისთავს დაექვემდებარა, ეკლესიურად კი რუსთველი ეპისკოპოსის სამწყსო გახდა. მონასტერი მუდამ განსაკუთრებული უფლებებით სარგებლობდა. 1265 წ., როდესაც ოქროს ურდოს მბრძანებლის ბერქა ყაენის ლაშქრობას ქალაქი რუსთავიც შეეწირა, საეპისკოპოსო კათედრალი რუსთავიდან სწორედ მარტყოფში გადმოვიდა.
ღვთაების მონასტერი სასტიკად აოხრდა თემურ ლენგის 1395 წ. შემოსევის დროს. მაშინ დაიკარგა ტაძარში დასვენებული მაცხოვრის ხელთუქმნელი ხატი, რომელიც ანტონ მარტყოფელმაედესიდანჩამოაბრძანა და რომლის სახელიდანაც წარმოდგა მონასტრის სახელწოდება - ღვთაების მონასტერი.
XV ს. საქართველოს სამეფო-სამთავროებად დაშლის შემდეგ, კახეთის მეფე გიორგი I-მა (1466-1476 წწ)ქვეყნის ცენტრალიზაციის მიზნით კახეთის საერისთავოები გააუქმა და მათ ნაცვლად მთელი კახეთი ოთხ სადროშოდ დაყო. მათ სათავეში კი არა ერისთავები, არამედ ეპისკოპოსები ჩააყენა. მათ შორის მეოთხე სადროშოს და იმავე დროს ჯარის მარცხენა ფლანგის წინამძღოლად დანიშნულ იქნა რუსთველი ეპისკოპოსი, რომლის სასპასპეტოში შედიოდა გარე-კახეთი ქიზიყამდე და მარტყოფ-საგურამო, რეზიდენცია კი მარტყოფის მონასტერში იყო. აქ ინახებოდა სადროშოს საბრძოლო დროშა. მის ერთ მხარეზე გამოსახული იყო ხელთუქმნელი ხატი, მეორეზე კი წმინდა გიორგი. მედროშე ეპისკოპოსები სადროშოებს მოურავების საშუალებით მართავდნენ. ასეთივე მოურავი ჰყავდა მარტყოფსაც. მარტყოფის მონასტრის მნიშვნელობა განისაზღვრებოდა მისი მდებარეობით, რომელიც თავდაცვისათვის ხელსაყრელ ადგილს გულისხმობდა. XVIII ს. დასაწყისში ერთხანს მარტყოფის მონასტერს აფარებდა თავს თურქთა ტყვეობიდან გაქცეული კახეთის მეფე კონსტანტინე IIმაჰმად-ყული ხანი. ამის გამო იყო, რომ 1723 წ. თურქებმა მარტყოფი დალაშქრეს, მოსახლეობა დაარბიეს, ტაძარი დაარბიეს და ხატები შემუსრეს. ამავე XVIII ს. დასაწყისში კახეთის გამგებლის დავით II(იმამ-ყული ხანი)-ს ბრძანებით ღვთაების მონასტრისთვის უფლება მიუციათ პატარძეულიდან მარტყოფამდის სამღებროები აეშენებინა, რაც მეცნიერთა აზრით იგივე საბაჟო უნდა ყოფილიყო.
